Одна з важливих особливостей екологічного аудиту – аналіз зібраних даних, що демонструє сильні й слабкі сторони системи управління навколишнім середовищем на підприємстві, надійність методів екологічного моніторингу. Важливо опиратися на загальновизнані нормативи – ГДК (гранично допустимі концентрації), нормативи ВОЗ (Всесвітньої організації охорони здоров’я) і національні. Крім того, моніторинг повинен приділяти увагу контрольним (фоновим) показникам.
При складанні висновків повинні відзначатися й аналізуватися такі зміни якості навколишнього середовища, які не пов’язані із впливом підприємства. Може знадобитися й залучення статистичних даних. Якщо система управління навколишнім середовищем виявиться недостатньо ефективною, то це повинно бути чітко зазначено. Після того, як аудитори провели аналіз у рамках своєї професійної компетенції, керівник аналізує в цілому хід виконання програм з охорони навколишнього середовища в місті, намічає порядок здійснення аудиторських висновків, що стосуються різних областей.
