Основа успішної аудиторської роботи – взаєморозуміння між аудиторами й представниками об’єкта ЕА (організації) у всьому, що стосується процедур екоаудиту. Для цього особи, що беруть участь в аудиторському процесі (з боку організації, що підлягає ЕА), повинні мати повне уявлення про них. Аудитор повинен мати досвід про функціонування системи управління навколишнім середовищем, охорону здоров’я й екологічну безпеку. Таким чином, конфлікт між незалежністю аудиторів й їхнім професійним досвідом, уявленням про функціонування муніципальних СЕМ якоюсь мірою неминучий.
Члени аудиторської команди повинні бути компетентними у питаннях управління навколишнім середовищем на муніципальному рівні, і в той же час незалежними від адміністрації. Як правило, в органах влади недооцінюють значення аудиту, тому доводиться організовувати одне або кілька нарад на міському рівні, для того щоб ідеї аудиту були адекватно прийняті.
